武豊線用として名古屋運転区に配置されていたが９９年１２月のダイヤ改正で
美濃太田運輸区に配備された。暖地用であるので高山線での使用方に注目したい。
この形式は両開きの扉でワンマン化はされていない。
現在はすべてＪＲ東海オリジナル色となっている。
エンジンを高出力型に乗せ換え、番号が変更されている。

定期運用では朝の太多線に４両編成で顔を出す。唯一の４０系の運用。
夕方は岐阜・美濃太田と岐阜・飛騨金山にそれぞれ２両編成が当てられる。
予備車として６０００番台が１両あるが増結用としてたまに高山にも顔を出している。